口袋妖怪火红版主要是讲述一个没有名气的孩子准备踏上旅行，在遇到大木博士之后，获得了自己的第一只宝可梦。口袋妖怪火红版是由你操控男主是赤红或女主是碧蓝开启新的旅程，在路途中你会遇到敌对组织火箭队并进行战斗。从口袋妖怪火红版开始，你将会踏上新的旅程，在旅程必经过的每个城市，你都会遇到各个城市的道馆，在道馆中会有道馆训练家，你必须操控主角使用宝可梦击败道馆馆主后才能获得道馆的徽章。在口袋妖怪火红版中，你必须集齐8枚道馆徽章，才参加由地方最出色的训练加组成的宝可梦联盟。在那里，你可以挑战四大天王。